インボイス登録者の確定申告でお困りではありませんか?

2023年10月からインボイス制度がスタートし、インボイス登録を行った事業者の方々にとって、初めての確定申告シーズンを迎えています。「何を提出すればいいのか分からない」「手続きが複雑で不安」といった声を多く耳にします。
この記事では、インボイス登録者が確定申告で提出すべき書類のチェックリストと、初心者でも分かりやすい進め方を詳しく解説します。
実際に税理士として多くのクライアントをサポートしてきた経験を基に、見落としがちなポイントやよくある間違いについても具体的にお伝えします。この記事を読めば、安心して確定申告を完了できるでしょう。
インボイス登録者の確定申告とは

インボイス制度と確定申告の関係
インボイス制度(適格請求書等保存方式)は、消費税の仕入税額控除を受けるために必要な制度です。インボイス登録を行った事業者は、適格請求書発行事業者として消費税の申告義務が生じます。
国税庁の発表によると、2023年10月1日時点で約280万事業者がインボイス登録を完了しており、これらの事業者は原則として消費税の確定申告が必要となります。
従来の確定申告との違い
インボイス登録者の確定申告では、以下の点が従来と異なります:
- 消費税申告書の提出:所得税申告書に加えて消費税申告書も必要
- 帳簿の詳細化:取引相手の登録番号や税率区分の記載が必要
- 保存書類の増加:適格請求書や仕入明細書の保存義務
- 提出期限の注意:消費税申告書は所得税と同じ3月15日まで
対象となる事業者
以下に該当する方は、インボイス登録者として確定申告が必要です:
- 適格請求書発行事業者として登録済みの個人事業主
- 年間売上が1,000万円以下でも登録を選択した事業者
- フリーランスや副業でインボイス登録した会社員
提出書類のチェックリスト

必須提出書類一覧
以下のチェックリストを使って、提出漏れがないか確認してください。
- □ 確定申告書(第一表・第二表)
- □ 青色申告決算書または収支内訳書
- □ 消費税及び地方消費税の確定申告書
- □ 付表2(課税売上割合・控除対象仕入税額等の計算表)
- □ 源泉徴収票(給与所得がある場合)
- □ 各種控除証明書(社会保険料、生命保険料など)
所得税関連書類の詳細
確定申告書は、すべての所得を申告する基本書類です。インボイス登録者も従来通り第一表・第二表の提出が必要です。
青色申告決算書または収支内訳書では、以下の点に特に注意してください:
- 売上の税率区分別集計(10%対象、8%対象、非課税等)
- 仕入・経費の適格請求書による区分
- インボイス登録番号の適切な記録
消費税関連書類の重要ポイント
インボイス登録者にとって最も重要なのが消費税申告書類です。
消費税確定申告書の記載ポイント
- 課税売上高:適格請求書を発行した売上を正確に集計
- 控除対象仕入税額:適格請求書に基づく仕入のみ控除可能
- 簡易課税の選択:年間売上5,000万円以下は簡易課税も選択可能
添付・保管が必要な書類
提出書類とは別に、以下の書類は7年間保管する必要があります:
- 発行した適格請求書の控え
- 受け取った適格請求書
- 帳簿(取引の詳細記録)
- 簡易インボイス(小売業等の場合)
確定申告の進め方(ステップ別解説)

ステップ1:事前準備と書類整理
まずは必要書類を整理しましょう。以下の順番で準備を進めることをお勧めします:
- 1月~12月の売上・経費に関する全ての領収書・請求書を収集
- 適格請求書(インボイス)とそれ以外を区分
- 各取引先のインボイス登録番号を確認
- 帳簿への記載内容をダブルチェック
ステップ2:国税庁ホームページでの申告
確定申告書等作成コーナーを使えば、初心者でも安心して申告できます。
パソコンでの操作手順:
- 国税庁「確定申告書等作成コーナー」にアクセス
- 「作成開始」→「印刷して提出」または「e-Tax」を選択
- 「所得税」→「給与・年金の方」または「左記以外の所得のある方」を選択
- 画面の案内に従って所得・控除を入力
- 最後に「消費税」を選択して消費税申告書を作成
ステップ3:スマホでの確定申告方法
2024年からはスマホでも消費税申告が可能になりました。外出先や移動中でも申告作業を進められます。
スマホ申告の手順
- 国税庁アプリをダウンロード
- マイナンバーカードでログイン
- 「所得税申告」で基本情報を入力
- 「消費税申告」で売上・仕入税額を入力
- 内容確認後、電子送信で提出完了
ステップ4:提出と確認
提出方法は以下の3つから選択できます:
- e-Tax(電子申告):24時間提出可能、控えも電子保存
- 郵送:税務署宛に簡易書留で送付
- 税務署持参:開庁時間内に直接提出
提出後は受付番号を控えておき、還付がある場合は指定口座への振込を確認してください。
よくある間違いと注意点

消費税申告でよくある間違い
【よくある間違い1】適格請求書以外の仕入も控除してしまう
インボイス制度開始後は、適格請求書発行事業者以外からの仕入は、原則として仕入税額控除の対象外です。区分して計算する必要があります。
【よくある間違い2】経過措置の計算ミス
2023年10月~2029年9月までは、適格請求書発行事業者以外からの仕入でも、一定割合(80%→50%)の控除が認められています。この計算を忘れがちです。
期限と罰則に関する注意点
確定申告の期限は以下の通りです:
- 所得税・消費税申告書:令和6年3月15日(金)まで
- 納税期限:同じく3月15日まで
- 振替納税:所得税は4月23日、消費税は4月30日
期限を過ぎると加算税や延滞税が発生するため、余裕をもって準備することが重要です。
帳簿記載の注意ポイント
インボイス制度下での帳簿記載では、以下の項目が必須となります:
- 取引相手の氏名または名称
- 取引年月日
- 取引内容(軽減税率対象かどうかも明記)
- 取引金額(税込み)
- 適格請求書発行事業者の登録番号
税務調査では、これらの記載不備が指摘されるケースが増えています。日頃から正確な帳簿作成を心がけましょう。
まとめ:安心して確定申告を完了させるために

インボイス登録者の確定申告は、従来の所得税申告に加えて消費税申告も必要となり、手続きが複雑になっています。しかし、この記事でご紹介したチェックリストと手順に従えば、初心者の方でも確実に申告を完了できます。
重要なポイントをもう一度整理します:
- 所得税申告書に加えて消費税申告書も提出必須
- 適格請求書とそれ以外を正確に区分して計算
- 国税庁の作成コーナーやスマホアプリを活用
- 3月15日の期限を厳守
- 関連書類は7年間保管
不明な点がある場合は、税理士への相談や税務署の無料相談を積極的に活用してください。正確な申告は事業継続の基盤となります。
今年の確定申告を機に、来年に向けた帳簿管理の改善も併せて検討されることをお勧めします。

